暗黑使者躲在暗处看到蓝宝和飘啊飘巡夜结束，控制黑暗风暴偷偷潜入女生寝室，准备破坏魔法之笛。
卜哆啦正在做梦，她又梦到了小时候的场景，梦到了爸爸妈妈，在梦里她诉说着对父母无尽的思念。
黑暗风暴趁着女生寝室的女生都在梦乡中，找到魔法之笛正准备毁灭，突然魔法之笛发出白光抵抗了暗黑风暴的袭击。睡梦中的卜哆啦也被一阵刺眼的白光唤醒，醒来的卜哆啦看到桌子上的魔法之笛赶忙拿起，“魔法之笛，是你吗？”可是魔法之笛又恢复了原来的样子，没有任何回应。
暗黑风暴的突袭没有成功，反而被魔法之笛的反击击伤，害怕暴露的暗黑使者只能匆忙回到地下水道。
第二天一早，卜哆啦找到乌克娜娜讲述了昨晚的异常，听到这些乌克娜娜觉得是时候告诉卜哆啦关于魔法之笛的秘密了。
卜哆啦今天一整天都是心不在焉的，怀揣着这么大这么重要的秘密，她没和芭比一起去吃午饭，借口不舒服回到了寝室。
卜哆啦想到了父母，小的时候父母总是很忙碌，每天提心吊胆的东躲西藏，大部分时间自已都见不到他们，他们好像永远呆在实验室，缺席了自已的成长。
她一直不理解父母，为什么把那些瓶瓶罐罐看的比自已还重要？现在她理解了父母，也有了想要守护萌学园的愿望，今天听到乌克娜娜的话，她很羡慕奈亚公主，有一个时时刻刻思念她的姐姐。自已的父母也是这样的吧！为了萌骑士，为了奈亚公主，为了夸克族，为了父母的希望，她愿意牺牲自已吹响魔法之笛，用自已换回奈亚公主，她觉得自已的牺牲是值得的。
“爸爸妈妈，我现在终于明白了你们的心情，为了朋友，为了夸克族，我愿意奉献出自已的一切，爸爸妈妈你们会以我为骄傲的对吧！”卜哆啦再次吹奏魔法之笛，这次魔法之笛发出一阵轻松愉快的笛声，响彻整个萌学园。
正在银河系旅行的大索长老和小索长老听到魔法之笛的召唤，不禁皱起眉头，两人相视，明白了夸克族肯定遇到难题，中断了时空旅行，带领索利族人前往萌学园。
吹响魔法之笛的卜哆啦陷入昏迷，被吃完午饭回来的芭比发现，连忙和蕊蕊胆固醇一起将卜哆啦送到保健室。
大索长老和小索长老来到萌学园校长办公室，听到肯豆基校长讲述的情况，决定留下来帮助萌骑士一起复活奈亚公主。
保健室，大甜甜护理长给卜哆啦灌下重建驶卷使魔药水，暂时稳住了卜哆啦的驶卷使，可是因为吹奏魔法之笛消耗了太多卜哆啦的能量，所以卜哆啦一时半会儿还醒不过来。
实验室，萌骑士和索利族长老已经做好准备，肯豆基校长和岛科特长老在旁边辅助。
乌克娜娜将乌拉拉晶石悬浮放置，滴入自已的血液，想到自已和乌拉拉的快乐相处时光和乌拉拉自愿牺牲时的义无反顾，种种情感化为真情之泪，被晶石吸收。
蓝宝用自已为介质转移重建驶卷使魔药水进入晶石，五星合力，大索长老和小索长老念动索利族咒语，岛科特长老和肯豆基校长为众人提供能量，众人合力，齐心协力只为复活奈亚公主。
时间一分一秒流逝，奈亚晶石吸收众人的能量，散发出五彩光芒，紧紧围绕在晶石旁边，一阵白光闪过，众人精疲力尽跌倒在地，奈亚公主乌拉拉终于复活！！！
“乌拉拉！！”
“姐姐！！爷爷！！”
乌拉拉听到乌克娜娜的呼喊睁开双眼，看到乌克娜娜和肯豆基校长，乌拉拉流下激动的泪水，泪水结晶化作五彩宝石，这是奈亚公主至纯至净之泪。
大索长老和小索长老完成使命，留下一封信离开了萌学园。
伴随着乌拉拉的觉醒，天现九星连珠异象，卜哆啦苏醒，魔法预言书开启预言，“注意注意，奈亚公主回归，蜜诺娃使者现身。”
大甜甜护理长注意到卜哆啦的手臂突然显出银白色图腾，她赶紧找到帕主任禀报了这一情况。
地下水道，“废物！！！这点小事都办不好，要你有何用？”暗黑使者跪在地上瑟瑟发抖，“属下，属下，属下办事不力，请暗黑大帝责罚。”
恼怒的暗黑大帝直接将暗黑使者摧毁成烟尘，“废物，废物！！！”
这时，暗黑大帝感受到奈亚公主的出现，他更加恼怒，不甘的咆哮在地下水道回荡。
