在乾隆十年，也就是 1745 年的时候，准噶尔的首领噶尔丹策零去世了。这一下，准噶尔的统治集团内部可就乱了套，为了争夺汗权，那是打得不可开交。在这场混乱中，达瓦齐这个准噶尔名将大策零敦多布的孙子，最终取得了准噶尔的最高权力。而他最重要的同盟者，就是辉特部的台吉阿睦尔撒纳。
阿睦尔撒纳出生于 1722 年，他的身世可不一般。他母亲博托洛克原本是策妄阿拉布坦的女儿，先嫁给了拉藏汗之子噶尔丹丹衷。丹衷死后，博托洛克怀着身孕改嫁了辉特台吉卫征诺颜，后来生下的孩子就是阿睦尔撒纳。
在准噶尔汗位的争斗中，阿睦尔撒纳支持达瓦齐，两人联手打败了其他的对手。但他和达瓦齐结盟可不是真心的，只是为了让自已的势力更强大。
乾隆皇帝心里跟明镜似的，他清楚得很：“准噶尔的台吉位子向来是绰罗斯家族世代相传的，阿睦尔撒纳是辉特部的，势力还不够强大，没法一下子就抢到位子，所以就把达瓦齐当棋子，诱使别人帮着攻打，他好趁机谋取好处，再把位子抢过来。”
随着时间的推移，阿睦尔撒纳不断积攒自已的力量，势力越来越大。到了乾隆十八年十月，他觉得自已翅膀硬了，就派人去跟达瓦齐说，要管理伊犁以北一直到阿尔泰山那大片广袤的地区，让达瓦齐只管博罗塔拉以南那小块地方。达瓦齐哪能答应啊，这不是明摆着欺负人嘛！于是，他们的联盟就此破裂，两人开始互相攻打。
到了十一月，达瓦齐派兵去攻打阿睦尔撒纳，连着打了三场，结果都输了。第二年六月，达瓦齐不甘心，又重新整顿军队，派沙克都尔曼济带着三万大军去抢掠阿睦尔撒纳的牧区，还让塔尔巴什率兵三千从另一边夹击。这一次，阿睦尔撒纳吃了大亏，惨败而归。
到了七月初，阿睦尔撒纳、纳默库、班珠尔实在没办法了，带着四千户、两万多口子人，决定向清朝投诚。这时候，乾隆皇帝正打算出兵伊犁，平定达瓦齐呢。对于阿睦尔撒纳带着这么多人来归附，乾隆皇帝特别重视。马上就命令侍郎玉保、副都统唐喀禄等人，带着喀尔喀王公赶紧去救济，给他们发放牛羊、口粮，让他们的部众先在乌里雅苏台附近的扎布汗河一带游牧生活。不仅如此，还晋封阿睦尔撒纳为亲王，纳默库、班珠尔为郡王，给的待遇那是相当优厚。
后来，阿睦尔撒纳在热河避暑山庄觐见乾隆皇帝的时候，把卫拉特内乱的详细情况一五一十地说了个清楚，一个劲儿地恳求清廷马上出兵去讨伐达瓦齐。
到了乾隆二十年二月，清廷决定分两路向伊犁进军。让班第当定北将军，阿睦尔撒纳当定边左副将军，负责北路的进军；让永常当定西将军，萨喇尔当定边右副将军，负责西路的进军。
到了五月中下旬，清军成功占领了伊犁。达瓦齐那是节节败退，一路逃跑，在往喀什噶尔跑的路上，被乌什城的伯克霍吉斯给抓住了，然后被押解到清军的大营，最后又被送到了北京。乾隆皇帝还算仁慈，特赦了他，可他后来在北京生病死了。
清廷把达瓦齐的势力消灭以后，决定 “把卫拉特分成四个汗，奖赏有功劳的人，表彰他们的功绩”。封车凌为杜尔伯特汗，阿睦尔撒纳为辉特汗，班珠尔为和硕特汗，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗。不仅如此，还晋封阿睦尔撒纳为双亲王，让他拿两份亲王的俸禄。
但阿睦尔撒纳的野心可不止于此，他根本就不满足。他归附清朝，从一开始就是个策略，借清廷的手把自已最大的对手达瓦齐给灭了，他的下一个目标就是统治整个四卫拉特。
在率领清军进兵伊犁之前，阿睦尔撒纳就通过班珠尔、纳噶察这些亲信到处散布他要当四部总汗的消息，制造舆论。达瓦齐被擒住以后，他就自已以总汗自居。虽说他是清朝封的亲王、定边左副将军，可他根本不用清朝的大旗，不穿清朝的官服，不戴清廷给他的黄带孔雀翎，也不用清朝颁发的官印，反而启用噶尔丹策零时珲台吉菊形篆印来发公文，还 “用钤记行文，调兵九千” 到布鲁特、哈萨克边境，明目张胆地拥兵自重。
对于阿睦尔撒纳的这些小动作，清廷早就有所察觉。于是指示定北将军班第催促阿睦尔撒纳早点来京城觐见，打算等他到了内地以后就把他除掉。阿睦尔撒纳多狡猾啊，他也察觉到情况不对了。
在八月初十日，他从伊犁出发去京城觐见，可一路上故意拖延，走走停停，观察局势。走到乌隆古河的时候，他觉得时机到了，就公开反叛，然后急急忙忙地又跑回了伊犁。八月二十九日，阿睦尔撒纳的军队把班第的镇守军给包围了。清军这边只有五百人，寡不敌众，班第和鄂容安没办法，兵败自杀，萨喇尔也被抓住了。
面对这突然的变故，乾隆皇帝迅速采取了应对措施。在乾隆二十年九月，重新册封了卫拉特四部的汗王，噶勒藏多尔济为绰罗斯汗，车凌为杜尔伯特汗，沙克都尔曼济为和硕特汗，巴雅尔为辉特汗。还封了三个台吉为公，四个人为扎萨克一等台吉，七个人为扎萨克，两个宰桑为内大臣，五个人为散秩大臣。这么做就是为了稳住卫拉特贵族的心，让他们没有后顾之忧，别跟着阿睦尔撒纳造反。紧接着，又让策楞当定西将军、达尔党阿当定边左副将军、扎拉丰阿当定边右副将军，组织第二次远征伊犁。
到了乾隆二十一年二月，西路军由策楞、玉保统率，北路军由哈达哈等人统率，再次向伊犁进发。
阿睦尔撒纳反叛以后，并没有出现他想象中大家都响应他反清的局面。好多跟着他反叛的首领，没多久就反过来和他作对。准噶尔内部再次陷入一片混乱。阿睦尔撒纳面对清廷大军的逼近，根本没办法组织有效的抵抗。为了拖延时间，他还两次假装投降，居然还骗得清军相信了他，停止了对他的追剿。就这么着，清军在将近一年的追剿中没啥进展。
一直到乾隆二十二年二月，清廷调整了统帅，下定决心要把阿睦尔撒纳彻底消灭。让成衮扎布当定边将军，兆惠当定边右副将军，车布登扎布当定边左副将军，调集了满洲、索伦、蒙古、察哈尔、吉林等地的兵马，兵分两路，再次对准噶尔发起征伐。
这时候，准噶尔内部那些叛乱的台吉、宰桑们，自已内部也闹得不可开交。再加上部落里瘟疫流行，人和牲口死了一大批。到了六月，清军几乎没遇到什么抵抗，就顺利抵达了伊犁。阿睦尔撒纳没办法，又逃到了哈萨克阿布赉汗那里。当时，阿布赉汗害怕清廷的大军打过来，就派使者向清廷表示愿意把阿睦尔撒纳抓住献给清廷。可这事儿被阿睦尔撒纳察觉了，他趁着晚上，带着妻子和八个亲信，偷了马沿着额尔齐斯河跑到俄国去了。
其实，沙俄一直密切关注着准噶尔的局势，早就多次向阿睦尔撒纳表示欢迎他来投诚，所以阿睦尔撒纳投奔俄国可不是一时冲动，而是早有预谋。
到了乾隆二十二年九月，阿睦尔撒纳染上了天花，病死在了俄国，年仅 35 岁。
他刚逃到沙俄的时候，乾隆皇帝马上就让理藩院给沙俄外交部发公文，要求他们按照两国之前商定的不接纳对方逃人的协议，把阿睦尔撒纳交出来。可沙俄一直拖着不给。一直到阿睦尔撒纳死了以后，才把他的尸体交给了清朝。
就这样，准噶尔的这场风波在乾隆皇帝的坚决打击下，终于渐渐平息。
