画面一转来到了另一个场景。只见人族大地，洪水滔天，人们居住的房屋被洪水冲毁，耕种的田地被浸泡，放牧的牛羊在水上漂浮，而大片的人族只能暂居在高山之上。应龙受大禹的邀请，同大禹一起治理神州各地的水患。大禹意识到唯有沟通四海方能真正平息水患。他就分别采取对东，北，南，西四个方向的水患，依其洪水形成的原因，有针对性的治理。
大禹带领治水大军来到神州大地的东方，这里地势西高东低，整片陆地呈平原多、高山少的趋势。他请应龙出手，用其神力将东海与内陆的水道连接起来，应龙以龙尾画地，勾画出一条大河，大河连通中部的高原，使得东部内陆的水患得以流向东海，中部的高原地质以黄土地为主，但见中部高原的河水携带大量的黄沙，向东蜿蜒曲折地流向了东海。大禹又命巨人族，背运那些被开山斧凿开的巨石送至东海岸，巨石堆积成一条坚固的防水沿线，防止河水流向平原。与此同时，又打造了定海神针铁这样的神物，立在东海中心，稳固着东海的平衡，使得东海再无海啸的发生，洪水也无法肆虐东部地区的人间。至此大禹和应龙就首先解决了神州东面的水患。
在北海洪水的肆虐的主要原因，是有一条叫无支祁的龙在兴风作浪。无支祁是一条长有九颗头的黑龙，它是由一条大蛇进化成龙，拥有呼风唤雨之能，它兴起大水，卷起狂风，洪水冲破堤岸，狂风将损毁的堤岸扩大，滔天的巨浪冲进人族居住之，冲倒围墙，冲走人群和牲畜，然后又将没有城池抵御它的人族抓来吃食。大禹和应龙来到北海之时，无支祁还在兴风作浪，应龙就变化出庞大的真身，立在云中将洪水尽数吸入腹中，无支祁昂起九颗头，张开腥臭大口就向应龙咬去，应龙用巨大的尾巴一甩，将无支祁的一颗龙头打歪，同时伸出锋利的龙爪，将那颗龙头抓下，并张口吐出雷电封住还要继续长出的龙头。这一下无支祁被应龙彻底打压下来，剩余的八颗龙头渐渐变成了无角的蛇头，脚下的龙爪也在消失，顷刻间由一条九头龙变成了一条八头蛇，无支祁见此掉头就往东方的深海岛国逃去。无支祁逃走北方的洪水就没有了肆虐的根源，大禹命人将损毁的防洪堤修复，重新建起了人族的城池。
在南方的洪水形成万里的泽国。这里的地势平缓且低洼，水不是很深但积水面积广阔，河道纵横，但淤塞严重，至使水流不通。应龙以尾画地，勾勒出多条大河的河道，这些河道确定出流水的走势。大禹则挥动避水剑引领洪水陆续流向河道，河道最终通向南海，这样就将洪水疏导出了南方的大陆。大禹又与应龙上天庭，求息壤，将息壤放在河道的周围，纤细如尘埃的息壤顷刻间长成座座大山，连绵起伏的大山延伸出去上千里，形成天然的防水屏障，阻挡河水流出河道为祸人间。应龙的以尾画地加深水道和息壤长成的高山防水屏障，使得南方形成多高山险滩，急流窄道的独特疏水工程。
西边的大陆没有海，所以无法将洪水引导出去，只能想办法在内部进行消化处理。并且在西方也有一条龙在作乱，它叫“相柳，”它利用龙特有的呼风唤雨的能力，引来洪水作乱人间。并且西方多高大的山峰，相柳就盘踞在高山上，它又不让人族上山躲避洪水，至使人族深受洪水泛滥之苦。针对这一局面大禹和应龙就决定先解决相柳，再治理洪水。应龙找到相柳的栖息地，用雷电束缚住相柳，大禹则命人打造深井，用坚硬的石头砌成井壁和四周，并用寒铁锁链将相柳锁在井底的深处，使它的活动范围仅局限在井底，从而无法再兴起水患。然后应龙飞上云端，将形成洪水的堰塞湖水吸干，又将高山的山顶冻住，再吐出腹中湖水，将水以冰的形态冻在了高山之上。就这样大禹和应龙又解决了西面的水患。至此神州大地四周的水患全部得以解除。
大禹治水是成功的，应龙由于协助大禹治水，因此在人族心中具有崇高的地位，人族在祭祀时也会将应龙的牌位供奉在上面，或者是久旱不雨时，也会祭祀应龙，求它降下雨来。神州各地的祭祀方法略有不同，但人们心中所想表达的意愿却是一致的，因此应龙身上也带有一些祝愿和祈求的香火之气。
