在成功挫败了对“时光之核”技术的盗窃企图后，王小三、灰原哀、柯南、“波尔多”和宫本百合子回到了侦探事务所。他们刚刚坐下，准备讨论下一步的计划，电话铃声突然响起。
电话那头传来了铃木次郎吉兴奋的声音：“喂，是侦探事务所吗？我这里有个非常有趣的案子，需要你们的帮助。”
铃木次郎吉，作为铃木财团的顾问，同时也是一个热爱冒险的富翁，他的声音中透露出一丝急切。“我在一次探险中发现了一些古代遗迹的线索，但我一个人无法解开其中的谜团。”
王小三立刻来了兴趣：“是什么样的遗迹？和‘时光之核’有关吗？”
铃木次郎吉在电话那头笑了笑：“我不确定，但这些遗迹中藏有巨大的宝藏，而且似乎和时间有关。我认为这可能是一个重大发现。”
灰原哀和宫本百合子迅速整理了装备，准备和铃木次郎吉一起去探险。柯南和“波尔多”则留守事务所，继续研究“时光之核”的秘密。
几天后，铃木次郎吉带领着灰原哀和宫本百合子来到了一个偏远的岛屿。岛上有一个古老的神庙，据说是古代文明的遗迹。
“这个神庙中藏有宝藏，但要找到它，必须解开一系列复杂的谜题。”铃木次郎吉解释道。
灰原哀和宫本百合子立刻投入到了解谜的工作。她们发现，这些谜题和古代的时间计算方法有关，每一个谜题都涉及到天文和历法的知识。
在解开最后一个谜题后，他们发现了一个隐藏的地下室。里面堆满了金银财宝，而在宝藏的中央，放着一个古老的钟表，钟表的指针停在了一个特定的时刻。
“这个钟表可能是打开另一个密室的关键。”宫本百合子推测。
灰原哀小心翼翼地调整了钟表的指针，突然，地下室的一面墙缓缓打开，露出了一个密室。里面放着一个巨大的宝石，宝石散发着淡淡的光芒，似乎与“时光之核”有着某种神秘的联系。
“这个宝石可能是古代文明用来控制时间的工具。”灰原哀惊叹道。
与此同时，柯南和“波尔多”在事务所中也有了新的发现。他们发现了一个古老的文献，提到了一个名为“时间守护者”的组织，这个组织曾经保护着一个强大的时间宝石。
“这个宝石可能就是文献中提到的时间宝石。”柯南说道。
王小三和灰原哀迅速将宝石带回事务所，与柯南和“波尔多”一起研究。他们发现，宝石中蕴含的力量确实与“时光之核”相似，但更为温和，似乎是用来平衡时间流的。
“这个宝石可能是‘时光之核’的补充，它可以帮助我们更好地控制‘时光之核’的力量。”宫本百合子解释道。
随着新的发现，他们知道，这个宝石的发现只是一个开始，更多的谜团等待着他们去揭开。他们的故事还在继续。
