随着“夜影”组织的崩溃和香水操控阴谋的揭露，东京市恢复了往日的宁静。王小三和“波尔多”的名字在市民中传颂，而柯南和灰原哀则继续在幕后默默支持，他们的侦探事务所成为了正义的象征。
一天，侦探事务所接待了一位焦急的女士，她声称自已的丈夫突然失踪了。“他是个普通的上班族，没有任何理由会失踪的。”她眼中含泪，声音颤抖。
王小三立刻开始了询问，试图从她的叙述中找到线索。与此同时，柯南悄悄地走到一旁，使用变声器伪装成工藤新一的声音，给目暮警官打了电话。
“目暮警官，我是工藤新一。我们这里有个案件，可能需要警方的协助。”柯南的声音通过变声器传了出来。
目暮警官立刻回应：“工藤，我们警视厅随时准备协助你。请告诉我案件的详细情况。”
“波尔多”则负责查看监控录像，寻找失踪男士最后出现的地点。他们决定分头行动，王小三和“波尔多”去调查失踪男士的工作地点和社交圈，而柯南和灰原哀则在幕后提供技术支持。
几天的调查后，他们发现了一个令人不安的事实：失踪的男士似乎与一个神秘的宗教团体有所联系。这个团体声称能够通过特殊的仪式预知未来，吸引了许多寻求心灵慰藉的人。
“这个团体的领袖非常有魅力，但他的真实目的令人怀疑。”王小三在调查报告中写道。
灰原哀在化学分析中发现了一些异常。“这个团体给信徒们提供的一种‘圣水’中含有微量的致幻剂。”
柯南的眉头紧锁。“这个团体可能利用这种‘圣水’控制信徒，甚至可能与失踪案有关。”
他们决定潜入这个团体的聚会，揭露领袖的真面目。在一次深夜的聚会中，他们目睹了领袖如何利用‘圣水’和心理暗示操控信徒。
“我们必须立刻采取行动，阻止他的罪行。”灰原哀低声说道，她的声音通过通讯设备传来。
王小三和“波尔多”迅速制定了一个计划，准备在不引起注意的情况下救出被控制的信徒，并揭露领袖的罪行。柯南和灰原则负责收集更多的证据，以确保能够将这个领袖绳之以法。
在一次精心策划的行动中，他们成功地救出了被控制的信徒，并揭露了领袖的罪行。警方随即介入，将这个领袖和他的追随者逮捕。
随着案件的解决，失踪的男士也被安全地找到了。他被这个团体洗脑，但在接受治疗后，他逐渐恢复了记忆，并与家人团聚。
王小三和“波尔多”再次站在了东京的街头，他们的脸上露出了疲惫但满足的笑容。他们知道，尽管这场战斗充满了挑战和危险，但他们成功地保护了这座城市和它的居民。
“我们再次做到了。”王小三轻声说道，他的声音中带着一丝自豪。
“波尔多”点了点头。“是的，我们再次保护了真相和正义。”
柯南和灰原哀在幕后默默支持，他们知道，尽管他们的冒险还没有结束，但他们已经准备好了，为了更多的真相和正义，他们将继续前进。
随着新的一天的开始，侦探事务所再次忙碌起来
